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全能核酸酶的稳定性是其工业应用的核心指标，受温度、pH、金属离子等因素影响显著：
一、温度稳定性
适宜反应温度为37~42℃，此温度下酶的空间构象处于良好的状态，核酸降解效率 。
低温稳定性良好：在 4℃条件下储存，酶活性可维持6~12个月；在-20℃或 - 80℃冷冻储存时，活性可稳定保持1~2年，反复冻融（≤5 次）对活性影响较小；但冻融次数超过10次后，酶蛋白易聚集，活性会下降10%~30%。
热稳定性较差：温度超过 50℃时，酶的空间构象开始破坏；65℃处理15min，酶活性丧失90%以上；100℃煮沸5min 可完全灭活，这一特性便于反应后去除酶活性。
二、pH稳定性
适宜反应pH为7.0~8.0（中性至弱碱性环境），此 pH 范围内酶的催化活性 ，且稳定性良好。
在pH6.0~9.0的缓冲体系中，酶活性可维持 80% 以上；当 pH＜5.0或pH＞10.0时，酶的空间构象发生不可逆改变，活性快速下降甚至完全丧失。
三、金属离子依赖性
全能核酸酶是Ca2?/Mg2?依赖性酶，催化反应必须依赖二价金属离子：Mg2?为核心激活因子，最适浓度为5~10mmol/L；Ca2?可增强酶的热稳定性，但不直接参与催化。重金属离子（如Hg2?、Pb2?、Ag?）会与酶活性中心的氨基酸残基结合，抑制酶活性；EDTA、EGTA等螯合剂可通过螯合 Mg2?/Ca2?，快速灭活全能核酸酶。