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天然全能核酸酶的分子量约为30~32kDa;重组表达的全能核酸酶(如大肠杆菌表达菌株)因去除信号肽或标签蛋白,分子量略低,通常为27~29kDa,可通过SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)精准测定。
全能核酸酶的等电点偏碱性,pI 值通常为8.5~9.5。这一特性源于其氨基酸序列中碱性氨基酸(赖氨酸、精氨酸)的占比较高,使其在中性或弱酸性环境下带正电荷,可通过离子交换层析(如 DEAE-Sepharose、CM-Sepharose)实现分离纯化。
全能核酸酶具有优异的水溶性,在纯水、生理盐水或中性缓冲液(如 PBS 缓冲液、Tris-HCl 缓冲液)中溶解度可达50~100mg/mL,溶解过程无需剧烈搅拌,室温下静置即可完全溶解。该酶不溶于乙醇、丙酮、甲醇等有机溶剂,在有机溶剂浓度超过30%的体系中会发生构象变化,导致酶蛋白沉淀析出;同时,全能核酸酶在高盐浓度(如 NaCl 浓度>1mol/L)环境下,溶解度会显著下降,这一特性可用于盐析法纯化。