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全能核酸酶的稳定性是其工业应用的核心指标，受温度、pH、金属离子、储存条件等因素调控，整体呈现出低温稳定、中温催化高效、高温易失活的特征，且对反应环境的酸碱度和金属离子辅助具有较强依赖性。具体稳定性表现如下：
一、温度稳定性
适宜反应温度：37~42℃，此温度区间内酶的空间构象处于 状态，核酸降解效率 ，且在反应周期内（通常 0.5~2h）活性稳定。
低温储存稳定性：在4℃冷藏条件下，冻干酶粉或酶溶液的活性可维持6~12个月；在-20℃或-80℃冷冻储存时，活性稳定保持1~2年。需注意的是，反复冻融会导致酶蛋白轻微聚集，冻融次数≤5 次时活性下降幅度＜10%，但超过10次后活性损失可达 30% 以上。
热失活特性：温度超过 50℃时，酶的空间构象开始不可逆破坏；65℃处理15min，活性丧失90%以上；100℃煮沸5min可完全灭活，这一特性便于后续工艺中快速去除酶活性。
二、pH稳定性
适宜反应pH：7.0~8.0的中性至弱碱性环境，此条件下酶活性中心的氨基酸残基带电状态适宜，与底物（核酸）的结合效率 。
酸碱耐受范围：在pH6.0~9.0的缓冲体系中，酶活性可维持80%以上；当 pH＜5.0（强酸性）或 pH＞10.0（强碱性）时，酶分子的氢键、离子键被破坏，空间构象解体，活性快速下降甚至完全丧失。
三、金属离子依赖性与影响
全能核酸酶是Ca2?/Mg2?依赖性酶，其稳定性与活性均需二价金属离子维持：
激活与稳定作用：Mg2?是核心激活因子，适宜浓度为 5~10mmol/L，可与酶活性中心结合，维持催化构象；Ca2?不直接参与催化，但能增强酶的热稳定性，在反应体系中添加 1~2mmol/L Ca2?，可使酶在 45℃下的活性半衰期延长2~3倍。
抑制与灭活作用：重金属离子（如 Hg2?、Pb2?、Ag?）会与酶活性中心的巯基、羧基结合，破坏构象导致活性丧失；EDTA、EGTA 等螯合剂可通过螯合 Mg2?/Ca2?，快速灭活全能核酸酶，这一方法常用于反应终止步骤。
四、储存条件对稳定性的影响
冻干酶粉需在密封、干燥、避光条件下储存，避免受潮导致蛋白聚集；溶解后的酶溶液建议分装后低温冻存，或添加 0.1%~0.5% 的牛血清白蛋白（BSA）作为稳定剂，可延长液体制剂的保质期。
避免与有机溶剂（如乙醇、丙酮）接触，有机溶剂浓度超过 30% 时，会使酶蛋白发生变性沉淀。